弥彦死后，长门再次遭受失去重要之人的巨大打击，他意识到之前找到的答案根本就一文不值。
认定只要在这个被诅咒的世界，不会有真正的和平，人与人是永远不会相互理解的，对和平的理解走上了极端。
于是长门和宇智波带土合作，计划收集尾兽，开发新的禁术，制造尾兽兵器，获得可以瞬间摧毁一个国家的力量，靠人类对那些痛楚的恐惧来抑制战争，以痛苦的方式引导世界，让世界走向安定与和平。
晓也因此改变了性质，从原来的雇佣兵组织变成了一个由S级叛忍组成的邪恶组织。
自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。
之后见到了佩恩及小南，这才知道原来晓首领佩恩是自己第二次忍界大战末期在雨隐之村所收的徒弟——长门。
冷酷无情的佩恩已不再顾念师徒之情，故一场师徒之战一触即发。
自来也使出仙人模式，并召来两位蛤蟆仙人（深作及志间仙人）相助，成功打败了佩恩三道。
但因之后不了解佩恩六道的相关情报，所以最终被佩恩六道打败而牺牲（泪目）。
但最后自来也查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，佩恩六道均为尸体傀儡，受长门操控）。
第四次忍界大战时期，长门被药师兜用秽土转生复活，并与宇智波鼬一起行动。
后被兜控制与鸣人和奇拉比战斗。
失去意识的长门，缺乏自主机动性。
在吸收奇拉比的八尾查克拉后身体恢复了原来年轻状态，但由于腿上的伤，依然无法自如行动，兜便以通灵兽的轮回共享视野弥补这一缺点，相继捕获鸣人与奇拉比，两人危在旦夕。
但最终却因中了别天神而脱离兜控制、隐蔽起来的宇智波鼬从死角射出苦无破坏视野共享而失手。
之后长门使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特征以及弱点并引导鸣人与奇拉比一起合力使用最强远程攻击忍术破解了地爆天星，随即长门被宇智波鼬的十拳剑所封印。
在临死之际，长门恢复了意识，对自己的一生做了评价，充分认同师父自来也的第一部作品，给予了堪称完美的评价；
对自己的第二部作品给予了一般评价；
并把希望寄托于鸣人，希望鸣人的第三部——完结篇，能够完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。
最后，长门带着希望，含笑而逝。
继而，长门被赢彻召唤来了这个世界，太元世界！
此刻，长门站在那里，面上相对于在火影世界，少了一分怨恨，多了一分欣然。
尽管看起来依然很少有表情，是因为这是长门多年来的习惯，一时间难以改变。
长门身旁的银发青年名为杀生丸，乃是狗狗的哥哥，宿敌。
幸亏狗狗早早的便离去了，不然一场狗狗大战或许便会在赢彻眼前上演。
姓名：杀生丸
来源：犬夜叉
身份：西之国王子
修为：五阶初期
能力：天生牙，斗鬼神，冥道残月破，苍龙破，毒华爪
评价：战栗的贵公子！
杀生丸是斗牙王之子，真正的全妖，实力十分强大，也因此而非常高傲自负。
他极其厌恶具有人类血统的半妖犬夜叉，由于不满父亲将威力巨大的铁碎牙留给犬夜叉，将不能杀人的天生牙留给自己。
为了得到父亲的遗物铁碎牙杀生丸与仆人邪见四处寻找父亲的墓地。
找到犬夜叉后的杀生丸利用妖怪无女假扮犬夜叉过世的母亲十六夜接近犬夜叉。
在套出墓地所在后杀生丸起了杀心，想杀害犬夜叉，但无女因为母爱散发为了保护犬夜叉而死。
在犬夜叉得到铁碎牙后，杀生丸妖化成犬型，然而铁碎牙感知到犬夜叉保护人类的决心，妖化了的铁碎牙斩断了杀生丸的左臂（噗，剧情杀）。
杀生丸后来更是三番两次的试图夺取铁碎牙。
后来，被犬夜叉以风之伤重创，几乎丧命。
幸好父亲的另一件遗物——天生牙自动张开结界，救下了杀生丸，也因此遇见了使杀生丸冷酷个性开始转变的关键人物——人类的孤女铃，刚开始的铃不会说话。
直至遇到被犬夜叉用风之伤重创不能动弹的杀生丸。
用其天真温暖的笑容融化杀生丸冰冷寂寞的心中的坚冰。
后在铃被狼咬死时，杀生丸第一次使用了天生牙，令铃起死回生且带在身边。
正是这个善良的小女孩，开启了杀生丸冰冷的内心，并逐步唤醒了他隐藏的温柔。
杀生丸的嗅觉灵敏，腕力非常，常用毒华爪、光鞭对敌。
因为配刀天生牙只能救人、不能杀人，他特地取得咬断了铁碎牙的悟心鬼的牙齿，交给灰刃坊打造出了邪刀斗鬼神。
但对魍魉丸一役中，斗鬼神折断，面对肆意侮辱神乐的魍魉丸，杀生丸第一次为了别人感到愤怒，感知了这一切的天生牙，在刀刀斋的锻造下，变成了一把可以使用冥道残月破来攻击对手的武器。
杀生丸为了追求武器招式冥道残月破的更加强大的能力而去见母亲，在母亲的考验之下进入了冥道中，面对铃的死亡杀生丸产生了对世间生命的慈悲之心，此时天生牙再次变强，将冥道残月破变为更加巨大的状态。
在与死鬼神的战斗中得知天生牙是铁碎牙抽取出来的一部份而愤怒不已，与犬夜叉的铁碎牙的配合，使天生牙招式冥道残月破变成满月，但也因此知道了父亲的用意，要将修炼完成冥道残月破，藉由铁碎牙的吸收能力，赠送给犬夜叉。
之后借用奈落给予之神无之镜的碎片与犬夜叉战斗，认同他为正统继承人并将冥道残月破赠与犬夜叉，天生牙变回原本治愈之刀。
在曲灵一战中，杀生丸被曲灵的刺穿了身体，被曲灵从奈落那里弄来的身体包围，就在铃、邪见、犬夜叉等人都极度担心他的安危之时，肉团中发出了绿光并炸开肉团。