杨宾的东路军混成编队沿东海岸线一路磕磕绊绊南下，而另一边的李南部队倒相当的顺利，沿铁路之兵站南下，一路经新竹，过苗栗，抵台中，几乎都没有遇到阻碍，因为沿途的义军与驻地清军听是红标军前来应战，无不欢呼雀跃，纷纷给予行军便利和支持，比起杨宾在花莲遇到当地高山族土著各种名目的阻碍，倒是顺利得多。
因为大家都有目共睹红标军在台北，在沪尾，在金包里对日取得的辉煌战绩，而台南的黑旗军在日军面前完全是一败涂地，其他的义军和清军更是不堪一击。
要不是日军受后勤补给所困，打下云林之后，便暂时停止攻击，给了清军们一个喘息之机，否则让乃木希典一路打过来，别南投、彰化，就是台中也可能已经失陷了。
原来驻守台中的是道员林朝栋，他在中法战争中表现极为优异，统领着当时全台最具战斗力的部队之一——栋军，肩负着台中的治安与防务，但由于在台湾民主国成立之后受到唐景崧的刻意排挤与打压，后来沪尾沦陷之后，败兵涌入台北城内烧杀抢掠，再加上唐景崧连夜逃离台北，乘洋轮内渡回大陆，也让他心灰意冷，感到大势已去，在将妻儿老送回大陆，他将所部的银饷支付完后，自己也选择了内渡，但是他旗下的栋军十营却仍未解散，而是留在了台中，追随吴汤兴投入抗日战争之中。
当时台北、沪尾大捷之后，姜绍祖、徐骧与吴汤兴等义军首领赶往台北，投效红标军，并接受改编，因此郁笑城将他们列入红标军七团、八团、九团的序列之中，分别驻扎在桃园、新竹和彰化，而林朝栋离开台中之后，台中的栋军便被黑旗军的吴彭年接管，而他的黑旗军主要是驻守在台中以南的南投县城，他对红标军的态度也深受刘永福影响，敌意大于好感，日军攻克嘉义，打到云林之后，他便率领黑旗军离开南投，汇合彰化的吴汤兴一起迎击来犯的乃木希典的第二师团。
李南赶到南投时，南投仅留下少许的黑旗军驻守，而且对赶来的红标军态度极为的傲慢生硬，甚至连粮草也不准备接济供应，要不是李南曾经在苗栗刚刚补充过粮草，恐怕三军将士连晚餐都没有着落。
由于李南赶到南投时，天已暗了下来，大军无法再南下行军，因此干脆便在南投过夜，不过南投驻守的黑旗军不让他们进城，因此大军只得在城外驻扎，这也让红标军怨气冲天，毕竟大家都为了抗日而来，朝不保夕，沿途受尽欢迎，只有在台中这儿受到如此冷淡待遇，令所有红标军上下官兵都感到极为的愤怒，要不是李南极力压制，恐怕已经和城内的黑旗军先干了起来。
虽然红标军连夜在南投驻扎下来，但是听闻云林前线战况激烈，李南还是按捺不住，决定亲自派侦骑前往云林察看动静，因此当大军刚一驻下，他便将军中事务交给炮兵一营的营长萧奈暂管。
由于萧奈曾经在美国西军事学校留过学，并且在台北之役中表现极为突出，战功显著，指挥与作战能力十分卓越，也因此受到了李南的信任。
萧奈等李南离开之后，便开始带着自己炮兵营的人直接赶到南投城下，骗开守城门的黑旗军，让其打开城门，然后便直接率着部众冲进去，但凡是阻挡他们的人，完全毫无顾忌，全部用乱棍打倒在地，一时之间，城门口被打得头破血流，满地哀嚎的黑旗军居然有二十多人。
“草，老子千里迢迢来打东洋鬼，你们他妈的还不给开城门，让我们兄弟们在城外风餐露宿，你们他妈的也做得出来，今天不是看在大家都是为了抗日，老子就废了你们！”萧奈可不客气，一脚踩在地上的一名黑旗军头目的脸上，恶狠狠道，“老子姓萧名奈，**的最好记住老子这张脸，有种就他妈的找你们头领告状，最好告到刘永福那儿去，不过我告诉你，他已经乘洋轮逃回大陆，**的想向他告状，自己得游过海峡去！”
“你胡，**的胡，我们大帅绝无可能内渡大陆，你们红标军了不起啊？就会仗势欺人，参军大人的没错，你们红标军就是恶狼，贪得无厌的恶狼……”那被踩在脚下的黑旗军头目气得浑身发抖，可是他没把话完，萧奈便一脚将其踢昏过去。
“干，你们黑旗军把台南给丢了，也他妈的好意思，自己夺不回来，还要靠我们红标军！”萧奈将对方踢昏过去之后，对其他被打翻在地的黑旗军凶狠道，“你们他妈的就是一群猪，这么多天过去，台南非但收复不了，还让人打到云林，真他妈的丢死人了，我要是你们黑旗军，羞也羞死了，还他妈的好意思守着这破地方，刁难我们红标军！台南你们收不回来，我们红标军替你们收回来，不过我要告诉你们，台南收回来，就没有你们黑旗军狗屁事了，我们红标军再不济，也绝不会做出半天之内丢失城港的事情来！”
着，他举起右手，对周围如狼似虎的部下们恶狠狠道：“打，全给我用力打，草，不打他们开窍，他们就不知道自己有多丢人！”
听到命令，炮兵营的士兵立刻举起早就准备好的大棒，雨一般朝已经趴在地上有气无力的黑旗军士兵头上、背上打去，仅仅几分钟的时间，城门口便一片哀嚎惨叫，不是被打得头破血流，便是直接被打昏迷过去。
萧奈见这些黑旗军再无反抗余地，终于把一口恶气给出完了，便招呼着部下们缴了他们的枪械，然后招呼城外的其他红标军进城扎营。
城外的红标军本来都已经扎下营盘来，看到城门已开，代理指挥萧奈又招呼大家进城扎营，哪里还管得了这许多，便一窝蜂地涌进城去，很快整个县城的大街巷全都挤满了红标军的身影，城里的百姓见来了这么一支服装奇特的新式军队，也不由好奇地站在街道两旁观看，要不是红标军脑后还拖着黑色的大辫子，许多人还以为来了洋人的军队。
不过当地的百姓哪里见过如此笔挺威武的军队，士兵们听着军官们的口令整齐有序地在城中行走，身上的枪械哗哗相互磨碰，骑兵“嗒嗒嗒”地步奔过街道，炮兵们推着野战炮“喀喀喀”地辗过路面，居然没有任何的交头接耳，大声喧哗，其军纪与士气比起驻台清军与黑旗军有着云壤之别，一下子便将城内的百姓给震憾了，许多人甚至情不自禁地开始鼓掌，有人还上前询问可不可以加入队伍。
萧奈见城内的百姓参军热情极高，也不由欣喜万分，他除了头上着炮兵营长的帽子，还兼着另一独立营长的帽子，可惜却是光杆营长，郁笑城曾经许诺，要他靠着自己的能力去招募出一个营的士兵来，而枪械弹药与粮草银饷却要自己解决，现在他正可以借着这个大好机会，实现招兵买马之梦想。
果然，当他动员炮兵营所有士兵在城内张贴招兵告示时，他设在城中几个募兵处很快便被人潮涌没，许多人看到红标军威风凛凛的着装，以及森严威武的气势，都为之折服，甚至有不少团练乡勇直接脱下号衣，直接就来投军。
仅仅用了半夜的时间，萧奈便为自己的独立营征集到一千七百多人，将近一个团的兵力，而他也为了有别于李家财的独立团，干脆就宣称自己是独立二团，并且在南投电报局发给台北有关军情电报时，大言不惭地将自己这本来莫须有的独立营直接改为独立二团，而且还位列于其他部队之前。
他这封电报发回台北之后，确实也让前指的郑逸大吃一惊，因为拨给李南的只有第三团、四团三营、四营、第二骑兵连、第一炮兵营、近卫军第一支队等6支混成部队，现在突然冒出一个独立二团，而且还有意与李家财的独立团区别开来，让他莫名其妙，再发电报询问独立二团首长是谁时，萧奈可就不客气，直接将自己的大名回复过去，并且还振振有词辩解，首领允诺自己身兼独立团长一职。
郑逸没听过这任命，为慎重起见，只得报与郁笑城，郁笑城看到这独立二团名号时，也不由哑然失笑，他当然记得自己曾经许诺过给萧奈独立营长的官帽，但却没想到这家伙到了南投，一下子招募了将近两千人的人马，然后自己升了一级，给自己戴上独立团团长的大帽子。
郁笑城当然不喜欢这种随便搞乱部队编制的逾越行为，但鉴于西路军混成编队已经赶到前线，马上就要投入战斗，急需用人之际，因此便采取折中处理方法，先是在电报中严厉训斥萧奈这种无组织无纪律行为，并不承认所谓独立二团在红标军序列中的编制，但是却也没有把话死，如果萧奈在此战中能立下大功，便可考虑扩编独立营，改编为独立二团。
萧奈收到这封电报时，不由欣喜若狂，这已经算是委婉承认独立二团的编制，他当然不会放过这个好机会，立刻着手按照红标军四四制建军标准，也有模有样地将自己刚刚招募的1700多人分成四个营，在其他部队面前公开以独立二团自居，这也让不明就里的其他部队以为红标军又增添了一个序列，也一起同为庆贺。
不过令萧奈苦恼的是这新成立的独立二团极缺枪械弹药，他已经把城内黑旗军以及团练乡勇的武装全部缴械了，甚至连维持治安的巡防营的武装都给缴械了，并且还砸开城内仅有一座军火库，将库内的枪械弹药全无遗漏地分配给自己这支新成立的部队，但是就是这样已经刮地三尺，也仅只能配备两个步兵营的枪械，剩下的两个营的枪械仍然没有着落。
最后实在没有办法，他只能暂时先让那两营配备短刀长矛，好在城内这些冷兵器并不缺乏，因此这两个营手上勉强也有了武器，只是他们也成为红标军中唯一的两个没有装备热兵器的步兵营。
萧奈其实并不知道，自己这一夜擅自做主，凭着无赖的习性强行冲开南投的城门，将部队引入城中扎营，反倒使大军免受日军的袭击，极大地减轻了红标军无谓的伤亡。