但香燐使计攘乱他的嗅觉，鸣人便以无数影分身去找佐助。众人被宇智波带土阻挡去路，樱等人更从绝口中得知佐助杀了鼬并重伤。他们追赶宇智波带土去找佐助和鼬，但被宇智波带土先一步把佐助带走。
由于找不到佐助，众人返回木叶。
六道佩恩攻入木叶，木叶的忍者与其进行残酷的战斗。其中一个佩恩用通灵之术召唤了一只大蜈蚣，蜈蚣追杀着平民及一部分穿着马甲的忍者。正在危机关头樱赶到并将其秒杀。
木叶被佩恩夷为平地，心痛欲绝而又无助的樱第一时间想到鸣人，并大喊：“鸣人快回来啊！”话音刚落，本在妙木山修炼仙术的鸣人发觉异样，同蛤蟆文太等通灵兽急赶回木叶，并与佩恩激战。后雏田被佩恩重伤，樱对其进行了治疗，雏田逐渐康复。回来的鸣人受到了大家的欢迎，樱上前先是说：“总是这样胡来！”然后打了一拳后抱住他说：“谢谢你。”
……
由于木叶危机时纲手昏迷至今未醒，所以团藏谋取了第六代火影的宝座。先前“鹰”小队协助晓抓捕八尾的缘故，四代目雷影派了萨姆伊等三人与火影商讨，并得出了要抓拿佐助的决定。对此鸣人与樱极力反对，随后鸣人、小樱、井三人与雷忍奥摩伊、卡鲁伊二人展开小规模的战斗，往后鸣人等人瞒着樱前往雷之国企图说服雷影放过佐助。佐井找到樱与她说出了鸣人对她的爱恋之情，这时樱回忆到了很多东西，随之泪流满面。十二小强除三忍以外的其他九人展开会议，商议决定了佐助基本上已成为敌人，得知此消息的樱，回想起了自己以往一直依赖鸣人，决定要亲自找到鸣人说明，来到铁之国的樱与鸣人见面，同时向他作出半真半假的告白，并劝谕他放弃追寻佐助，鸣人察觉异样，以“这种玩笑一点都不好玩，讨厌对自己说谎的家伙”为由拒绝。樱随后同佐井、牙、小李离去，开始寻找佐助。
牙捕捉到佐助气息后，樱想迷倒大家单独找佐助，但被佐井制止。几人与佐井开战，樱趁机迷倒众人，并在佐助要杀香燐之前赶到。面对变化巨大的佐助，樱不寒而栗，谎说要与佐助一起背叛木叶，正思考要给佐助一击时，佐助突然向樱出手，被卡卡西拦下，并且命令樱带香燐退下，治疗香燐。之后再次试图偷袭佐助，却因下不了手反被佐助捉住，在佐助即将杀死樱的时候，鸣人出现救下樱，原第七班集合。可惜佐助仍然被仇恨迷惑，不听劝阻离去。由于战斗中被樱持的附毒苦无划伤，在佐助离去后一度因药效发作挥发口吐白沫，樱怀着歉意替鸣人治疗。
……
樱跟着卡卡西所属的第三部队前进战场，再次遇上桃地再不斩与白。小樱根据以往和第七小队在波之国对抗再不斩的经验，提醒李洛克别让再不斩有机可趁。然而就在樱待在医疗部执行治疗伤患的期间，医疗部却发生了医疗上忍遭人暗杀的事件。在针对暗杀上忍的凶手作出实力分析后，樱识破伪装成宁次的白绝并将其打回原形，得到情报后，便将白绝的分身交给身旁的医疗忍者，并独自前往总部。樱后赶往鸣人战场，鸣人为保护众人消耗了大量九尾查克拉，樱了解情况后，为鸣人治疗恢复体力。再听见鸣人慷慨激昂的陈词后，樱明白鸣人把大家从心底当成伙伴，便鼓励战友们全力战斗。
被大蛇丸复活的历代火影赶到战场对抗十尾，战局暂缓，波风水门看到樱为鸣人疗伤后问他是不是鸣人的女朋友，鸣人回答”我们差不多就是那样的“，引来樱的一顿暴打的场面让水门想起玖辛奈，佐助来到战场，第七班复活，樱回忆起曾经鸣人和佐助为了保护她而努力的种种，以及自己要赶上他们两人的诺言，额前出现了师傅纲手亲传的绝技百豪之印，与鸣人、佐助一起战斗。
樱与鸣人佐助同时使用通灵之术，召唤蛞蝓制造出多个分身，到达每一个忍者身边，然后帮助他们治疗。看到鸣人和佐助合作的样子，樱的眼角流下欣慰的泪水。佐井指出佐助目的不纯时，作出了假笑。鸣人在被宇智波斑抽走九尾后奄奄一息，我爱罗将其救下，送至樱处抢救，但由于之前战斗中消耗过大，樱的查克拉严重不足，几乎无法维持医疗忍术，近乎绝望，回想起鸣人曾经的梦想，歇斯底里地大喊，希望唤醒鸣人。为了保住鸣人的性命，樱一边打开鸣人胸口，挤压他的心脏以维持血液循环，一边为鸣人实行人工呼吸。
……
樱和鸣人一起被传送到带土写轮眼的异空间后，看着带土对鸣人传送尾兽查克拉。鸣人复活后，目送其离开。并且对残害过同伴的带土说:感谢你救了鸣人。带土说自己快要控制不了黑绝了，要求樱毁掉自己的轮回眼时，斑夺取卡卡西的写轮眼后进入异空间，对两人发动攻击。
带土在千钧一发之际将樱送出异空间，原第七班全体成员集合。斑夺取了带土的轮回眼与黑绝一同出现在樱他们的面前。在斑强大的瞳力影响下，樱不禁害怕得退后了几步，望着依旧站在自己眼前的鸣人和佐助的背影，樱回想起自己的誓言，下定决心不再后退，于是解开了阴封印以佯攻为目的冲向了斑，却被斑用六道黑棒贯穿身体，处于不死之身状态的樱并无大碍，用怪力的拳头挥向斑却发现自己的眼前仿佛有看不见的墙壁而完全打不到斑，斑准备发动攻击，鸣人、佐助关键时刻抵挡了斑的影子救下了樱。斑称余兴时间到此为止，随后发动无限月读，全世界的人均被无限月读控制，只有秽土转生的四位火影和在佐助须作能乎的保护下的第七班能不受影响。