及后鸣人在自身的查克拉被宁次的点穴术封锁时，以精神力量召唤出九尾妖狐的强大查克拉，结果反败为胜，把宁次重击于地上。
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赛事完结后，雏田的父亲日向日足私下寻找宁次，告诉他有关日向日差之死的真相，其后更给宁次看了其父的绝笔。宁次这才恍然大悟，知道父亲并不是被宗家迫死，而是自愿当牺牲者以保卫日向一族。从此他明白人的生命可自由主宰，而不是受操控的。他把鸣人看成是将他从黑暗之中救出来的人，决意要变得比鸣人更强，和鸣人的关系也大有改变。
佐助营救篇中，他是最后一名加入的小组成员。他本想留下照顾刚手术完毕的李洛克，但李暗示他应该跟随小组把佐助带回来，宁次亦明白他的用意。在五人小队中，他被鹿丸安排在对伍的最后方，利用白眼对四周进行侦察。当被次郎坊的土遁结界围困时，以白眼观察出对方在这个结界里注入查克拉，故土墙被攻击后会自动恢复，而且对方能透过结界吸取宁次等人的查克拉。但同时他亦从牙的通牙术攻击中，观察出结界里某些地点的查克拉比较弱，在丁次配合下，众人破土墙而出。
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宁次之后的对手为五音忍中最具分析力、好战的八足蜘蛛鬼童丸。鬼童丸以蜘蛛束缚术捆着鹿丸、蜘蛛巢开术捕捉鸣人分身及宁次，而牙亦被蜘蛛丝所缠后更用蜘蛛黏金术所成的武器当作飞镖，掷向鸣人的分身，但当中并没有真身在内，还差点儿被真正的鸣人从后暗算。与此同时，宁次观察出鬼童丸所制的蜘蛛丝为查克拉所制，故以柔拳术释放查克拉并切断蜘蛛丝，救出了小队各人。他自愿留下拖延鬼童丸，让鸣人、鹿丸及牙继续追赶音忍及佐助。
鬼童丸从口中不断吐出蜘蛛网捕捉宁次，及以黏金术化成的武器对宁次施以攻击。他以为宁次只能以手中的查克拉切断蜘蛛丝。殊不知宁次也能从身上各穴道释放出查克拉，瞬间便把蜘蛛丝彻底切断。宁次以柔拳法?八卦六十四掌对鬼童丸施以连击，把鬼童丸打落树下。不过，鬼童丸也有从身上各处释放查克拉的能力，而且他的查克拉更能在接触空气时化成金属镫甲，故宁次的柔拳术对其无效。宁次亦深明此点。[8]
鬼童丸从战斗中了解宁次是擅于近战的对手，故选择以远距离对宁次进行暗杀。他先以假的引爆符欺骗宁次，并射出许多黏金做成的苦无攻击宁次，但遭到宁次的八卦掌·回天完全防御，藏匿处更被宁次以白眼看破。
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鬼童丸明白他遇上了一个熟练型的对手，故不得不进入咒印状态1。鬼童丸再以通灵之术召唤出巨大蜘蛛，并从蜘蛛体内、释放出许多连接着查克拉蜘蛛丝的小蜘蛛。他的目的就是以蜘蛛丝缠着宁次的回天术，使其转动减慢，再放出苦无施以暗杀。虽然宁次最终防御了蜘蛛及苦无，但知道回天术的弱点已被看破，也不能再使用。鬼童丸为了进一步看破宁次白眼的弱点，便放出更多的苦无及小蜘蛛施以袭击;宁次先后以柔拳·八卦六十四掌及一百二十八掌防御苦无及蜘蛛，但却有一支苦无从他的膊头穿过，使其受伤。鬼童丸立即分析出宁次虽可防御50米半径内的远距离攻击，及有360度视野，但事实上在其背部胸骨第二节有一处盲点，是其白眼所不能观察到的。鬼童丸即对这个盲点不断施以苦无攻击;及后当宁次以柔拳把下堕的大蜘蛛给打碎后，鬼童丸又乘机放出密集性的苦无攻击，使宁次重伤倒地。
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正当鬼童丸以为对方已死时，宁次再度站起来，使鬼童丸决定以咒印状态2对战宁次，并在额头上开出第三眼。鬼童丸从口中以查克拉铸成战弓，并准备以100%准确度的远箭对宁次的盲点施以突袭。幸而宁次早已在其四周释放了大量的查克拉，使箭的方向稍为偏离于致命点15厘米距离;但始终因为该箭曾是对准其盲点，宁次无法察觉，故最终仍穿其肩而过。鬼童丸又再射一箭，虽再次被宁次躲过，但事前宁次同样是感应不到此箭。
宁次面对比自己强的敌人，认为已无法再避开鬼童丸的攻击，但他想起了鸣人，想起了鸣人那种不屈不挠的精神。宁次决定硬接鬼童丸第三枝远箭（准确度为120%），从箭所连接的查克拉蜘蛛丝注入具攻击性的查克拉，间接性地以柔拳术对鬼童丸的内脏进行破坏。后更使出新悟绝招·八门崩击对负伤行动中的鬼童丸施以突击，鬼童丸瞬即重伤倒地。鬼童丸对其不死表示震惊，宁次就指出因为他是被众人所认定、信赖的‘天才’，所以更不能输给任何人，并决心要改变所谓的‘宿命’。宁次亦深信鸣人既然能把他从黑暗带出来，自然有能力拯救在黑暗中徘徊的佐助。鬼童丸死去后，宁次终于虚耗所有体力、身负重伤倒在地上。
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一片羽毛徐徐飘下，宁次也在宁静中‘休息……后幸得上忍静音及一众医疗忍者的深切治疗，才从死亡边缘拯救回来。
得日向日足的训练下，增修了日向宗家绝技，此时已是上忍。
宁次的面相明显较第一部清秀，留了一把长发，而且已改穿类似日本和服的衣服，和佐助的装扮极为相似。第三班作为第七班的任务支援而前往砂忍者村，而在进入砂隐村内前就遇上了干柿鬼鲛（实为象转分身），并与其对战。但宁次三人均被鬼鲛所施的水牢术困着，只剩凯老师一人孤身作战，同伴天天更感呼吸困难。后宁次以白眼看破水牢术的薄弱位置，使用柔拳打破水牢、击败水分身，并救了天天。阿凯亦以朝孔雀击败鬼鲛，四人惊讶原来这鬼鲛只是一名替身。