受阮大铖的启发，朱由检赶紧两方以智和汤若望两人召到寝殿，商议自然教材的编纂事宜。
方以智此时在翰林院任职，还是庶吉士出生，按大明官场惯例来说，可谓是妥妥的重点培养的青年干部。不过他最近日子也不好过，被东林党人插了一刀，成为东林人口中叛徒。又因为理念的问题，他与现在这一批得势的人也不怎么对付。如此一来，就成了孤家寡人，没有任何同党的异类。突然被皇帝召见，他自己都有些意外。
“密之、汤先生、朕此番召你们来，是想委托两位作为主编，编一套自然学科的教材，望两位能助朕完成此事。”
自然学科的教材？方以智和汤若望初听这个名词，有些搞不懂，瞪着两双无知的大眼相互瞅了半天。最后方以智开口求教道：“陛下、自然学科要涉及什么内容啊？”
“简单来说就是世间万物的常识，比如一年分几季、有那些节气。比如万物是在何时生长、何时收获，在不同的地方有无分别，为何有分别？再比如同样的东西为何用撬杠能搬动，凭着双手就搬不动，撬杠的长短，支力点对此有无影响？影响几何？这个学科初始是让学生们了解万物之识，深了就是探究万物运行之理。”
“臣明白陛下要编的是什么书了！应该就是物理之书，臣其实也有这样的想法。在物理之识上，汤先生所在的西洋，其实已经有不少这方面的学识，很多是可以借鉴的。”到底是有这方面积累和见识的人，虽然这时候他应该还没正式编《物理小识》这本书，但经皇帝一点拨，方以智就立刻知道皇帝要编什么书了。反应过来的方以智神情甚是激动，心中隐隐有种找到知己的感觉。谁能想到，当朝天子居然是自己的知己。
物理？朱由检颇有兴致的看了一眼方以智，这个词还是被他提出来了。“正如密之所言，此科深究则是万物之理、自然之道，浅则是自然之常识也。汤先生是否明白了朕的诉求？”
汤若望见大明皇帝突然点他的名，赶紧上前用蹩脚的官话说道：“外臣大许明白了皇帝陛下的要求，确如陛下所言，在西洋是有与之相关的一些学问，如杠杆之理、浮力之理等，外臣可将这些尽数译为明文。陛下、外臣近年来结合西洋的历法，修正重编了一套大明的新历法，想献给陛下。”
“汤先生完了将新编的历法程给礼部吧！朕让礼部勘验一二。若是没有谬误，明年就改用汤先生新编的历法。”
汤若望早就将新历法编好了，并且命名为崇祯新历。这些年来一直找推广的机会，结果一直没有受到重视。在真实历史上，满清入关汤若望将这套历法换了个皮献给了多尔衮，多尔衮二话不说就进行了推广。
朱由检之所以如此痛快的接受了汤若望推荐的新历法，并不是因为他已经了解了这套历法比现在的历法科学。而是出于穿越者的常识做出的决定，有一个事实是自满清用新历法后，极端灾祸要比崇祯时少了很多。那么是不是有这么一个可能？旧历法的错误之处会导致人们对时节的判断不准，这也是促成出现大灾祸的原因之一？宁可信其有，不可信其无。反正改一套历法，付出的成本也不大。
“陛下、自然科的教材是编一本还是编数本。”被汤若望献历法的事打断了谈话进程，方以智很不爽，瞅准时机，他就插进了话。
“朕正要说这事哪！编一本肯定不行，朕的设想是以后中学将分为县中和府中、各两年！这四年的中学，每年都得有一本相应的自然教材，由浅入深、由表到里系统的将目前已有的自然之理教授给中学生。到了大学，所教之理将会更深。然现在条件不成熟，因此接下来一年，密之你和汤先生将主要做两件事，一是编一套适合大学生掌握的自然学科教材，二是编两册适合中学生学习的浅显教材，先将自然科的架子搭起来，然后再慢慢将其丰富。”
“靠我们两人，怕是力有不逮。”
“你们两人是主编，另可举荐有这方面涉猎的人进入编辑组。同时、此番入学的所有太学生和师范生你们都有优先挑选权，被你们挑选的学生无条件进入自然科学习。自然科分为专科和本科两个层次，专科只需上一年既可去中学教书，他们主要是为了先普及自然课。本科则需要精学两到三年，以后将与你们一道编自然教材，探究自然之理。自然科本科生，要优中选优，入学后就享薪俸，结业后优先留校任教职，薪俸从优。暂时来说，先在师范大学设自然科，日后太学也设自然科。若是条件成熟，在本科之上再设一博士科，专研自然。这门学问才是正经的世间大道，朕尤为重视！”
坦白来说，现在的几个大学都是培训班性质的学校，生员是成熟群体，让他们入学只不过是为了培训他们的职业素养。在学科知识的教授上，弄不出多大的花。从时间上来说，一两年也不够用。要想真正的完成教学体系转变，没一二十年自下而上的改动，根本不可能。
令人头疼的是，不光大学缺教员，中小学新开的这些学科，教员缺的更是可怕。史学老师好找，算学勉强能凑点人，中小学的几何和自然压根就没人。解决问题的办法只能是在初小只设国文、算学两门课，到了高小设史学、国文、算学三门，剩下的学科到了中学再设。与此同时，先在师范大学培训一些二百五的老师，让他们到中学里任教，给学生们灌灌耳音，做些基础性的普及工作。等过几年人才梯队丰富了，再正正规规搞教育。
相对专业的学科教育，目前只能先在大学中搞，先将大学办正规了，再往下捋。基础生员素质不行、到了大学就能将事搞好？怎么说哪！这种事只能拼天赋了，像宋应星、方以智，他们小时候也没啥专业的科学教育，长大后不是变态了吗？不、应该是变异了！